科潘王国的历史可以追溯至公元2世纪，在公元5世纪到公元9世纪达到鼎盛，然后同其他古典时期各个玛雅城邦一样，突然衰落并被彻底遗弃在丛林之中。古代，科潘可能称作“Xukpi”。
早于公元前1100年，科潘河谷地就有人居住，但是约公元前300年后的四五百年间，在其他玛雅城邦蓬勃发展之时，科潘却没有什么发展，直到公元200年前后科潘城邦才开始发展起来。
考古学家在科潘发现一座圣坛，称之为“圣坛Q”。它上面刻画有十六位人物的形象，起先考古学家觉得好像是十六位祭司环坐一起讨论问题似的，后来的研究表明这是十六位科潘国王的形象。
公元426年亚克库毛开始了强大的科潘王朝，他也是“圣坛Q”上所刻画的第一位国王。虽然他可能并不是科潘真正的第一位国王，但是他在后来肯定有着极崇高的地位。到了公元628年，“烟豹王”即位，他在位时间长达67年，是科潘王朝的鼎盛时期，同时也控制着周围很大面积的地方，成为一个“帝国”。
“烟豹王”以后“十八兔王”即位，在位时间长达43年，“十八兔王”虽继续扩张与征服，但是科潘已到了强弩之末之时。“十八兔王”在小国基里瓜（Quirigua）安插的统治者考阿克天（Cauac Sky）在即位后的第13年反叛，打败了“十八兔王”，并于公元738年5月3日將之斩首。“十八兔王”被斩首后，科潘的王权受到很大影响。“烟壳王”于公元749年继位后，努力挽救政权，他同玛雅西部的大城邦帕伦克联姻，并且在科潘大兴土木，兴建了大量的纪念碑。今天的考古学家正是通过这些纪念碑，得以了解科潘的历史。
到了公元763年，雅克斯潘继位，他仍然试图通过炫耀祖先的功绩，通过把自己刻画成英勇武士的形象来挽回王朝，但是科潘王朝的没落已经无法挽回。他至少在位至公元820年。此后一位叫做乌斯特图克的人“登基”，但遗留下来的铭文没有说清楚他“登”的是不是王位──纪念他“登基”的圣坛没有完工就废弃了。进入公元9世纪的科潘，同玛雅文明古典时期的所有其他城邦一样，突然衰落并且永远的被遗弃在了丛林之中。
已知的科潘统治者如下：
“圣坛Q” 遗迹描绘了从亚克库毛至雅克斯潘共十六位国王 (参见 http://mayaruins.com/copan/a1_1170.html)
