前身是室町時代隈本城加以改建成，安土桃山時代豐臣政權入主肥後國後，當地藩主的官邸，面積達九十八萬平方公尺，最有名的特色就是「令軍隊想放棄」（Шаблон:Lang），意即易守難攻。
熊本城另一名稱為銀杏城，由於當加藤清正建造此城時，已經考慮到萬一發生圍城戰時，城內需要有食物供應，因此便廣植銀杏，甚至連城內鋪床的材質，都是利用里芋的莖晒乾做成的，可以作為圍城戰時的戰備存糧。
文明年間（1469年-1487年）肥後守護菊池氏一族，・出田秀信開始建築千葉城。熊本城歷史就此開始。
16世紀早期出田氏勢力衰退。在大永、享祿年間為菊池氏領地，由鹿子木親員建造隈本城，並將藤崎八旛宮進行遷宮的工作。1550年（天文19年）大友義鑑遭到家臣殺死，與義鑑敵對菊池義武是義鑑的弟弟。義武控制了隈本城。1554年大友氏攻佔了隈本城，約30年左右由大友氏控制。
1587年（天正15年）豐臣秀吉完成九州征伐後，當時城主城久基移封筑後国。由秀吉家臣佐佐成政入主，成政不理秀吉指示進行檢地，結果觸發當地農民一揆。1588年佐佐成政被下令切腹自盡，由加藤清正成為城主。
1591年加藤清正在茶臼山丘陵一帶開始建造城堡。約1600年（慶長5年）天守建造完成。關原之戰後清正成為肥後國52萬石大名。1606年築成完畢，翌年將城堡由隈本改名為熊本城。
1632年（寬永9年）由細川忠利取代加藤氏管治熊本藩。直到廢藩置縣為止，為細川氏宗家的居城。在幕末時代藩內分為学校黨、實學黨及敬神黨三派。1870年實學黨以「戰國時代的遺物」向新政府提出拆城建議。但是拆除當天卻停止工作。
1871年廢藩置縣，熊本縣縣廳在城內二丸設置。同年縣廳改在花畑邸鎮西鎮台。駐守熊本鎮台後，將老朽化的櫓及多重櫓逐個拆卸。特別是西出丸石垣。在西南戰爭前，只俘留本丸主要部份的天守及本丸御殿。
1876年神風連之亂期間，反亂者種田政明控制了城內的砲兵營，很快被政府軍鎮壓。
西南戰爭是政府軍的重要根據地，對抗守舊勢力西鄉隆盛所帶領的西鄉軍。不過在西鄉軍發動攻勢之前，其天守閣意外發生大火，火勢雖然立刻獲得控制，但是許多重要的文物、城樓已遭到燒毀。戰爭方面，政府軍在谷干城指揮下成功擊退西鄉軍，西鄉軍並沒有一人進入城中範圍內。
西南戰爭後，在某段時期陸絨以沒被戰火燒毀的之丸五階櫓及飯田丸三階櫓拆卸。1884年城内設置午砲台，使用空砲進行報時（1941年停止）。1933年總共有13棟建築物列入國寶（現今的重要文物）。
1933年熊本城跡列為日本指定史跡。1955年列為日本的特定史跡。1960年慶祝熊本城350周年，熊本市籌得1億8000萬日圓重建包括大小天守、平櫓等。城內公園亦開始收費。而大天守內部為博物館。2007年建城400周年紀念，再將部份建築還原。
熊本城是一座平山城。城池全長5.3公里。西南及東北一帶是古城千葉城，被稱為出丸。
清正特別擅於建造石垣。因為上半部稱作「武者反」而聞名。城池採用蔚山倭城時的技術。防守集中在南方，以應付假想敵薩摩藩的入侵。在熊本市役所外的石垣，更為日本最長的。
天守是連結式望樓型，大天守是5重6層及一層地庫，稱為「第一天守」。小天守是3重4層及一層地庫，稱為「第二天守」或「御上」，是城主夫人的居所。城東北是清正建立的豐國廟跡（立田山中腹），而城西南妙解寺跡（花岡山麓）與細川家兩個靈廟連結。
建築物方面，以黑色作為外觀，天守以外櫓、門的屋根少見彎曲，大多數為直線。多重櫓全為望樓型。當中以宇土櫓最高，甚至被稱為「第三座天守」。
這十三棟建築為現存，分別為宇土櫓、監物櫓（長岡圖書預櫓）、平櫓、五間櫓、北十八間櫓、東十八間櫓、源之進櫓、四間櫓、十四間櫓、七間櫓、田子櫓各櫓、長塀（全長約242m）及不開門。全為日本重要文化財。
